Contexte et enjeux

Cette thèse, à l’interface entre phytopathologie et agroécologie, vise à analyser, en vue de le gérer, ce risque épidémique. Deux hypothèses explicatives, non exclusives structureront le travail de recherche :

1. Une origine locale de l’inoculum (installation avérée de Pgt et effet green bridge, via une survie sur d’autres plantes hôtes), avec pour conséquence une possible installation à bas bruit de la rouille noire
2. Une origine distante de l’inoculum (sporées dispersées à longue distance par les mouvements de masses d’air depuis le sud de l’Europe), conférant à la situation épidémique récente un caractère exceptionnel.

La thèse est adossée au projet de recherche FSOV RouilleNoire_2.0 impliquant des sélectionneurs blé et conduit en collaboration avec des partenaires internationaux (Danemark, Suisse) et un institut technique français (ARVALIS).

Objectifs 

La stratégie proposée à la personne recrutée en thèse repose sur une analyse contextualisée des caractéristiques populationnelles de Pgt à l’interface entre compartiments cultivé et naturel. Il/elle analysera les possibilités de maintien de l’agent pathogène dans l’agroécosystème et de dispersion en prenant en compte l’ensemble de son cycle biologique à deux échelles spatiales, l’une large, l’autre plus fine. D’une part, la personne recrutée en thèse comparera la taille et la structure des populations présentes sur blé à l’échelle nationale, et sur l’hôte alternant (Berberis vulgaris) et éventuellement certains hôtes alternatifs (graminées sauvages) pouvant jouer le rôle de réservoir dans deux sites de la côte dijonnaise caractérisés par une coexistence de toutes ces plantes hôtes, via des approches de phénotypage in planta et génotypage (expertise de l’unité BIOGER). Pour cela il/elle s’appuiera sur deux années de données épidémiologiques de terrain, dont le recueil sera à poursuivre pendant la thèse. D’autre part, il/elle mettra en œuvre une approche de modélisation, à savoir une analyse multi-échelle de trajectoires de masse d’air depuis les aires où Pgt est établi, en utilisant l’outil existant ‘Tropolink’ (expertise de l’unité BioSP).

Unités impliquées dans l'encadrement :

Contacts / coordination :