Ils ont aussi montré la valeur stratégique de la résistance conférée par l'immunité végétale, qui reste le levier majeur pour réussir une transition agroécologique notamment sur la question des maladies cryptogamiques des cultures. Ces débats ont réaffirmé le besoin crucial d'une épidémiosurveillance associée au déploiement des résistances pour être en mesure d’anticiper de possibles érosions ou contournements. 
De quelle sélection a-t-on besoin pour construire des peuplements durablement résistants ? Comment générer de la diversité fonctionnelle et la piloter dans les peuplements, au-delà des approches classiques de mélanges d’espèces ou de génotypes ? Faut-il sélectionner pour une moindre sensibilité plutôt qu’une résistance complète ? Comment décliner une gestion des résistances à l'échelle de l'exploitation ? Quelle est la perception de la résistance et de sa durabilité par le producteur, selon les filières ? Quelles sont les pratiques d'accompagnement pour retarder au mieux les contournements (prophylaxie, traitements de sécurité, etc.) ? Peut-on gérer la résistance en bien commun dans les filières et les aires de production, sous quelles conditions économiques et organisationnelles ?